W północno-wschodniej części Mazowsza w dorzeczu rzek Pisy, Szkwy, Omulwi i Orzycy w XVI wieku zwartą przestrzenią rozciągały się lasy Puszczy Zagajnicy, zwanej obecnie Zieloną Puszczą Kurpiowską. Od strony północnej graniczyła ona z Prusami przechodząc w knieje szczycieńsko-jansborskie, które stanowiły jej naturalne przedłużenie, na południu dochodziła do rzeki Narwi na odcinku od Nowogrodu do Ostrołęki.
Administracyjnie teren ten należał do starostw: łomżyńskiego i ostrołęckiego oraz powiatów różańskiego i przasnyskiego. W XVI wieku części tej puszczy nosiły kilka nazw lokalnych. Lasy znajdujące się między Pisą a Szkwą należały do starostwa łomżyńskiego i zwane były Zagajnicą Łomżyńską.
W 1807 roku ziemie te weszły w skład Księstwa Warszawskiego, a w 1815 roku znalazły się w granicach Królestwa Polskiego, to ostatnie było integralną częścią Cesarstwa Rosyjskiego. Puszcza Kurpiowska nigdy nie stanowiła wyodrębnionej jednostki administracyjnej. Główna część terenów puszczańskich wchodziła w skład Starostwa Łomżyńskiego i Ostrołęckiego, przy czym tereny Łysych wchodziły w skład Starostwa Łomżyńskiego.
Tereny Puszczy zamieszkane były przez lud leśny, puszczański – przez Puszczaków, których z czasem przezwano Kurpiami. Sama nazwa Kurp określająca mieszkańca nadnarwiańskich borów powstała od nazwy obuwia plecionego z lipowego łyka; noszono je tu jeszcze przed kilkudziesięciu laty. Nazwa ta pojawia się dopiero w XVIII wieku, używali jej sąsiedzi; sami bowiem Kurpie nazywali siebie Puszczakami.
Sądzić można, że surowe życie puszczańskie wykształciło typ osobowości – samodzielnej, niezależnej, hardej, przywiązanej do swych zwyczajów i do życia w ciężkich warunkach, charakterystycznej dla zbiorowości polskiej także dziś. Typ człowieka, który był przyzwyczajony – tak jak w puszczy – do wybierania nowych, nietypowych dróg działania, poszukiwania niestosowanych dotychczas rozwiązań.
Knieje puszczańskie zamieszkiwane były przez niedźwiedzie, łosie, rysie, dziki, jelenie oraz łasice atrakcyjne dla myśliwych ze względu na cenne futra. Prócz licznej zwierzyny puszcza obfitowała w drewno, pokłady rudy darniowej i ryby występujące w rzekach, rzeczkach, strugach, jeziorach i licznych rozlewiskach. Nie brak było również sokołów poszukiwanych do łowów. W całej puszczy pełno było dzikich pszczół, które miały swe barcie w dziuplach drzew. Toteż puszcza pozostawała terenem łowów królewskich, a na straży jej stały pobudowane dwory myśliwskie i mieszkający przy nich strzelcy królewscy.
Jeden z takich dworów książęcych mieścił się nad jeziorem Krusko zwanym później Serafin. Następnie powstała tam osada o tej nazwie.
Pierwszą odnotowaną osadą na obecnym terenie gminy Łyse były Lipniki - 1672r. Stałe zasiedlanie puszczy odbywało się kolejnymi falami. Szybki napływ ludności na te tereny spowodowany był zniszczeniami kraju po najeździe szwedzkim. Innym powodem były liczne epidemie, zarazy, pomory pustoszące znaczne połacie kraju. Upadek gospodarki folwarcznej, wyludnienie miast dokonane przez działania wojenne, rabunek obcych wojsk powodowały gwałtowny wzrost pańszczyzny. Wszystkie te przyczyny prowadziły do jedynej, możliwej formy oporu ludności wiejskiej – zbiegostwa na tereny niezamieszkałe i trudno dostępne. Warunki te spełniała Puszcza Zielona. Do puszczy uciekali poddani dóbr królewskich, szlacheckich i duchownych. Przyciągały ich obszary słabiej zaludnione oraz czasowe zwolnienie z ciężarów podatkowych i pańszczyzny.
Mieszkańcy puszczy byli katolikami bądź protestantami. Pierwsi pochodzili z ziem polskich, drudzy napłynęli z sąsiednich Prus, gdzie luteranizm był powszechny. Pierwszymi duszpasterzami wśród osadników zostali jezuici, a pierwszym ośrodkiem religijnym i gospodarczym stał się Myszyniec.
Na terenach puszczy powszechnie dostępny był bursztyn, co sprzyjało rozwojowi rodzimego przemysłu bursztyniarskiego na Kurpiach, którego ślady sięgają XVIII wieku.
Także w obrębie wsi Łyse kopano bursztyn, szczególnie w latach 1870-1885, najwięcej na łąkach (tzw. paśnikach) i borach na tzw. grądzikach (wyschniętych dołkach). Jeszcze na początku XX w. wydobywano we wsi bursztyn z bardzo dobrym wynikiem. Jeden kopacz mógł w ciągu dnia wydobyć garniec bursztynu. Najdroższy był bursztyn biały, ale największym powodzeniem cieszył się bursztyn czerwony, mimo że był nieco tańszy.
Przemiany społeczno-gospodarcze w puszczy oraz dalszy rozwój osadnictwa rolnego przyczyniły się do upadku bartnictwa. Ostateczny wpływ na jego likwidację miał upadek niepodległości w 1795 roku. Ziemie Puszczy Zielonej znalazły się pod zaborem pruskim. Zarządzeniem władz pruskich z 1801 roku zniesiono prawo bartne. Nastąpił okres systematycznej dewastacji drzewostanu, w tym i drzew bartnych w sposób rabunkowy.
Upadek powstania styczniowego był przyczyną nowego podziału administracyjnego. Rok 1867 przynosi całkowitą unifikację ustroju administracyjnego Królestwa Polskiego z Cesarstwem Rosyjskim, opartą na ogólnorosyjskiej ustawie o ustroju guberni z 1865 roku. Nowa ustawa o zarządzie gubernialnym Królestwa Polskiego, wprowadzona na mocy ukazu z 19 grudnia 1866 roku, zmieniła zasadniczo organizację administracji terenowej. Gubernia Augustowska została podzielona na Łomżyńską i Suwalską. W skład Guberni Łomżyńskiej wszedł powiat koleński, a wraz z nim tereny gminy Łyse.
Dodatkowych zarobków poza uprawą ziemi, dostarczało Kurpiom rzemiosło, czyli rękodzielnictwo. Z badań E. Kaczyńskiej wynika, że pod tym względem Kurpie stanowiły jeden z aktywniejszych regionów północno – wschodnich ziem Królestwa Polskiego.
Na przełomie XIX i XX wieku mieszkańców naszych terenów zajmowano się tkactwem, a także obróbką drewna. Drugą, oprócz rzemiosła, dość prostą formą uzupełniania budżetów wielu rodzin kurpiowskich był przemyt. Mieszkańcy wsi i osad Puszczy Zielonej „szwarcowali” nie tylko towary przez granicę, ale również broń, tajną literaturę, nielegalnie wychodzących ludzi.
Nie udało się ustalić, od którego roku wieś Łyse była siedzibą władz gminnych. Od 1884 roku istnieje wykaz wójtów tej gminy. W 1827 roku była to wieś rządowa, a było w niej 83 domy i 503 mieszkańców.
Wybuch I wojny światowej dla mieszkańców gminy nadgranicznej był faktem mającym doniosłą rolę w życiu codziennym. W roku 1915 poprzez teren gminy przebiegała linia frontu. W efekcie walk powstały cmentarze, gdzie pochowano poległych obu walczących stron. Już w 1915 roku Niemcy zbudowali wąskotorową kolej prowadzącą z Kolna do Myszyńca przez tereny gminy Łyse do eksploatacji drewna z Puszczy. Koszty tej inwestycji obciążały w znacznej mierze ludność miejscową, która zmuszana była do pracy za minimalną opłatą. Poza eksploatacją siły roboczej na miejscu, część ludności kurpiowskiej została wywieziona na przymusowe roboty do Prus lub w głąb Niemiec. Pod koniec I wojny światowej tereny kurpiowskie były tak wyeksploatowane, że często brakowało zboża i ziemniaków oraz siły pociągowej i sprzętu do uprawy. Dalsze pogorszenie sytuacji nastąpiło w wyniku wojny polsko – radzieckiej 1919–1920.
W 1926 roku losy siedziby gminy ważyły się. Przyczyną tego był pożar, który zniszczył część zabudowań od centrum w kierunku Myszyńca. Spłonął również budynek - siedziba władz gminnych. Odbudowany został jednak i wieś Łyse pozostała administracyjnym centrum gminy.
W 1932 r. gmina zmienia przynależność terytorialną. Rozwiązano powiat kolneński a Łyse z dwiema sąsiednimi gminami: Turośl i Gawrychy przyłączono do powiatu ostrołęckiego.
W czasie okupacji hitlerowskiej (1939 r.) gmina Łyse wraz z innymi gminami lub wsiami leżącymi na lewym brzegu Narwi włączona została do Prus Południowo - Wschodnich tzw. rejencji ciechanowskiej.
Po wyzwoleniu w 1945 roku 3 gminy byłego powiatu kolneńskiego Turośl, Zbójna oraz Łyse należały do powiatu ostrołęckiego. Sołtys z miejscowości Łyse - Ignacy Zajk został powołany przez Starostę Powiatu Ostrołęckiego z dnia 10.VII.1945 r na wójta.
Po II wojnie światowej podstawą utrzymania ludności kurpiowskiej, a więc i mieszkańców parafii Łyse, nadal pozostaje rolnictwo. Tutejsza ludność dorabiała także tkaniem szmacianych dywaników, tzw. chodników, słomianek, płótna bądź handlem zwierzętami domowymi.
W 1947 roku wicewojewodą białostockim zostaje Stanisław Krupka, wychodzi on z propozycją utworzenia powiatu kolneńskiego. I tak w 1948 r. utworzono nowy powiat kolneński z siedzibą władz powiatowych w Kolnie. W skład reaktywowanego powiatu weszły również gminy z powiatu ostrołęckiego województwa warszawskiego: Łyse, Turośl i Gawrychy.
W 1952 roku w myśl propagowanego hasła: "Władza bliżej ludu" obszar gminy podzielono na Gromadzkie Rady Narodowe. Było ich 5: w Babie, Lipnikach, Łysych, Zalasiu i Dudach Puszczańskich. Dwie z nich upadły: w Dudach Puszczańskich i Babie. Pozostałe przetrwały do końca1972 roku. Z dniem 1 stycznia 1973 roku powstała z połączenia tych gromad Gmina Łyse. Urząd Naczelnika Gminy objął Czesław Zajk.
W wyniku nowego podziału administracyjnego Polski w 1975 roku Kolno przestało być siedzibą władz powiatowych. Gminę Łyse przyłączono do nowopowstałego województwa ostrołęckiego. Obecnie po kolejnej reformie, od roku 1999 należy do województwa mazowieckiego.